Летом 1949 г. начались аресты: в июле арестовали Я. Капустина - бывшего секретаря ленинградского горкома партии, в августе - Вознесенского, Кузнецова и других "главарей шайки". Остальных "пособников" рангом помельче привлекали "за связь с Кузнецовым, Попковым, Лазутиным, Капустиным", т.е. за то, что не разглядели "окопавшихся врагов", не разоблачили их "преступной деятельности".
Надзор за следствием осуществлял лично Берия. Всем арестованным приписывалась "подрывная работа" и "нарушение государственных планов". Обвинения и количество подследственных росли, как снежный ком - арестовывались не только партийные функционеры разного ранга, но и люди вовсе не причастные к партийной деятельности. Забирали за один факт родства или знакомства с главными обвиняемыми. Так, был арестован родной брат Н.А. Вознесенского, А.А. Вознесенский - бывший ректор Ленинградского университета. (Его обвиняли в повышении престижа Ленинградского университета в противовес Московскому).
Во время следствия скончались также арестованные по "Ленинградскому делу" профессора Университета Л. Некрин (в сентябре 1949 г.) и В. Рейхардт (в ноябре 1949 г.).
В числе пострадавших оказался и Музей обороны Ленинграда. Его руководство было арестовано, директор музея Л. Раков осужден на 10 лет. (За "выпячивание ленинградских руководителей" - их портретов в экспозициях музея оказалось больше чем портретов Сталина; недостаточное отображение роли ЦК партии в спасении осаждённого города. Кроме того, в музее /посвящённом истории ВОВ/ были "обнаружены" оружие и порох). Сам музей закрыли по спецуказанию ЦК. Уникальные, ценные экспонаты частично роздали другим музеям, а большую часть уничтожили. В конце лета 1951 г. музейные помещения перешли к военному ведомству.
Следствие ежемесячно расширяло круг причастных "делу". После зачисток в партийных организациях (райкомах, райисполкомах, горисполкомах) перекинулись на предприятия, стали забирать директоров крупных заводов, начальников трестов. В результате почти все те, кто налаживали оборону и снабжение осаждённого города, а затем эвакуацию, обеспечивали работу предприятий, организовывали восстановление разрушенных объектов, - подверглись репрессиям. Например, в Ленэнерго по "Ленинградскому делу" были "изъяты" управляющий Б. Страупе, начальник кабельной сети города М. Грознов, начальники других служб - они исчезли и судьба их неизвестна. Эти люди всю блокаду делали буквально невозможное, обеспечивая город электроэнергией. Подобное происходило и в других отраслях - изымали опытных, проверенных войной руководителей горячо любящих свой город.
Бывшие ленинградцы подверглись гонениям по всему Союзу. (Имеются в виду блокадники, которых война разбросала по стране - кто-то остался в месте эвакуации, т.к. жильё в родном городе было утрачено, кого-то выехал уже после войны на работу в другие области). Их обвиняли в создании некой преступной "ленинградской секты", которая замышляла вернуть Ленинграду ведущую культурную и экономическую роль, вплоть до возвращения городу статуса столицы. Уроженцев города на Неве как будто специально выискивали по всей стране, чтобы присоединить к "делу". (Несмотря на сталинскую систему подбора кадров, ленинградцев отличала общая и техническая культура).
Процесс "Ленинградского дела" длился год (с 29.09.1949 по 01.10.1950). Заседания проходили в Доме офицеров на Литейном, 6. В последний день (1 октября) через час после оглашения приговора были расстреляны: Н. Вознесенский, А. Кузнецов, П. Попков, М. Родионов, Я. Капустин, П. Лазутин. Смертные приговоры по "Делу" приводили в исполнение еще в 1951-1952 гг. Так, была расстреляна М. Вознесенская (сестра Н. и А. Вознесенских) и многие др. Полные списки казненных и репрессированных до сих пор не опубликованы. В очередной раз ленинградское руководство было обезглавлено, а сам город поставлен в положение отверженного.
В отличие от показательных судов предвоенных лет на этот раз открытого процесса создать не удалось. В чем заключались преступления обвиняемых, какие именно факты легли в основу обвинения, общественность так и не узнала. Постоянно твердилось о неких стремлениях "противопоставить партии", "создать антипартийную группу", но какие задачи ставила антипартийная группа - внятно не объяснялось, так же как и в чем состояла её антипартийность. Главным было другое - теперь всем стало ясно, что своим спасением Ленинград обязан мудрому руководству товарища Сталина.
