Армяне появились на берегах Невы еще во время строительства Санкт-Петербурга. Во время правления Анны Иоанновны армянская община обратилась к государству с просьбой о строительстве церкви на Васильевском острове. Разрешение было получено, однако церковь не достроили.
Во времена царствования Екатерины II был издан Манифест о свободном отправлении церковных обрядов всеми народами, живущими в России. В Петербурге начали выделять участки для постройки иноверческих церквей. Армянская община по указу императрицы Екатерины II получает небольшой участок земли на северной стороне Невского проспекта. В середине XVIII века здесь были императорские конюшни с деревянными домами. Строительство храма велось в 1771 – 1779 годах по проекту известного зодчего Ю.М. Фельтена.
Здание церкви представляет собой яркий образец архитектуры раннего русского классицизма. Храм находится между двумя строгими зданиями (бывшие доходные дома), которые подчеркивают центральное место церкви в архитектурном ансамбле этого участка Невского проспекта. Церковь, увенчанная куполом на стройном барабане, своим главным фасадом обращена к Невскому проспекту. В его центре – строгий портик с фронтоном, украшенном скульптурным рельефом на тему религиозной истории Армении.
Во внутреннем убранстве храма выделяется великолепная монументальная живопись, а также строгими линиями купола, арочных сводов, колонн. Торжественная церемония освящения церкви состоялась в присутствии князя Г.А. Потемкина 18 февраля 1780 года. В церкви не раз бывала и сама императрица. В середине XIX века в храме появились колокола, которые были установлены в звоннице церкви. В начале XX века по проекту архитектора А.И. Таманяна храм подвергся небольшой реконструкции, однако его облик остался неизменным.
Вскоре после Октябрьской революции 1917 года армянская церковь была разграблена и закрыта. В помещениях храма разместились склады, конторы и мастерские.
В 1992 году церковь была передана армянской общине. С этого момента начались реставрационные работы по возвращению храму его исторического облика: восстановлена отделка стен, заново выстлан пол, отреставрированы крест на куполе и алтарь. В 2000 году армянская церковь Святой Екатерины была совместна освящена Патриархом Московским и Всея Руси Алексием II и Верховным Патриархом-Католикосом Всех Армян Гарегином II.
Комментарии